Miejski Ogród Zoologiczny został otwarty 11 marca 1928 roku , a jego pierwszym dyrektorem był Wenanty Burdziński. Obszar parku obejmował około 40 hektarów, a jego mieszkańcami były zwierzęta przekazane Ogrodowi przez Muzeum Pedagogiczne a także odkupione od M. Pągowskiego (który utworzył ZOO przy ul. Koszykowej). Eksponowanych było 500 okazów, przede wszystkim fauny krajowej. W 1937 roku urodziła się słonica indyjska Tuzinka – ulubienica zwiedzających.
W czasie II wojny światowej teren ZOO został zniszczony, zwierzęta zginęły lub zostały wywiezione do Rzeszy. Ponowne otwarcie Ogrodu nastąpiło w 1948 roku.
W 1956 roku wietnamscy rewolucjoniści w podziękowaniu za służbę transportową statku MS “Kiliński” Polskich Linii Oceanicznych, który w latach 1954-1956 przetransportował ponad 100 tysięcy osób z południa na północ Wietnamu tuż przed wybuchem wojny wietnamskiej, podarowali ZOO słonia indyjskiego o imieniu Partyzant. W warszawskim Ogrodzie Zoologicznym przeżył on dwa lata.
Obecnie ZOO zajmuje powierzchnię ok. 32 hektarów, mieszka w nim 3646 osobników – przedstawicieli 489 gatunków (stan na styczeń 2007).