Kościół na Ratuszowej to najstarszy praski zabytek. Kamień węgielny pod budowę kościoła i klasztoru oo. Bernardynów wmurowano 4 października 1617 roku, w uroczystości tej uczestniczył król Zygmunt III Waza wraz z dostojnikami. Budowa była finansowana ze środków Zofii Kryńskiej, wdowy po Feliksie, kancelerzu koronnym. W 1640 roku położono fundamenty pod domek loretański, który zbudowano ostatecznie w 1644 roku – istnieje on do dziś, stoi pośrodku kościoła. Budowlę wzorowano na znajdującym się w Loretto “Domie Maryi” według projektu Konstantego Tencalli. W czasie “potopu” kompleks kościelny został zniszczony przez wojska szwedzkie. Na przykościelnym cmentarzu pochowano poległych żołnierzy, wśród nich Jakuba Kowalewskiego (pierwowzór sienkiewiczowskiego bohatera, Rocha Kowalskiego – co upamiętnia kamień-nagrobek). Zniszczenia zostały odnowione w latach 60. XVII wieku z funduszy braci Warszyckich – Stefana, kasztelana krakowskiego i Michała, kasztelana sandomierskiego).
Podczas rzezi Pragi w 1794 roku świątynia została zniszczona i sprofanowana. Kościół Bernardynów ocalał, lecz w 1811 roku został rozebrany i zburzony na rozkaz cesarza Napoleona. W pierwszej dekadzie XIX stulecia do kościoła trafiła pradawna figura MB Krzemionkowskiej (XIV/XV w.), prawdopodobnie przeniesiona z kościoła w Skaryszewie. Kaplica MB Loretańskiej była, po gruntownym odnowieniu w 1816 roku jedynym ośrodkiem parafialnym na terenie Pragi przez cały XIX wiek.
W dniu 30 lipca 1941 utworzono parafię Matki Boskiej Loretańskiej istniejącą do dnia dzisiejszego. W 1953 roku świątynię przebudowano na podstawie projektu Alfonsa Kropiwnickiego.